水安全与水科学协同创新中心于2012年5月由bat365在线官网登录联合清华大学共同组建，核心协同单位有南京水利科学研究院、中国水利水电科学研究院、中国长江三峡集团有限公司、中国电力建设集团有限公司。2013年4月，水安全中心被认定为首批江苏高校协同创新中心；2014年，在国家“2011协同创新中心”认定工作中，通过初审，进入答辩；2016年，在江苏高校协同创新中心绩效评估中获得A等；2018年12月，被教育部正式认定为首批省部共建协同创新中心。
中心成立以来，构建了以9个核心制度为保障的协同制度体系。面向全球招聘领军人才组建形成22支创新团队。探索形成了有组织的稳定支持的创新任务组织模式，自组织的创新团队建设与发展模式，行业水利英才培养机制。建立了以创新任务和成效贡献为依据的绩效评价与考核制度，在bat365在线官网登录江宁校区新建面积达5万多平米的水安全与水工程大型试验基地，在新安江建成流域水文多功能野外实验基地。bat365在线官网登录在机制体制改革、资源共享、条件建设、任务经费方面给予中心充分的保障。
